COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 2.433471 2.433471 2.486573
2020-09-14 17:00:00 3.164935 1.782430 2.458294
2020-09-13 17:00:00 2.984036 2.984036 2.454008
2020-09-12 17:00:00 2.654194 2.654194 2.448795
2020-09-11 17:00:00 2.630979 2.630979 2.419437
2020-09-10 17:00:00 2.763980 2.763980 2.401127
2020-09-09 17:00:00 2.274530 2.274530 2.370069

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 2.743902 2.743902 1.373194
2020-09-14 17:00:00 1.333333 1.609195 1.358468
2020-09-13 17:00:00 2.850539 1.117103 1.408713
2020-09-12 17:00:00 1.148225 1.148225 1.400920
2020-09-11 17:00:00 3.089144 1.279788 1.454251
2020-09-10 17:00:00 1.264368 1.264368 1.515225
2020-09-09 17:00:00 0.497018 0.497018 1.584413

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 1.006036 1.006036 0.967536
2020-09-14 17:00:00 0.000000 0.000000 0.948685
2020-09-13 17:00:00 0.833333 0.833333 1.009126
2020-09-12 17:00:00 0.606796 0.606796 1.035362
2020-09-11 17:00:00 1.957586 1.957586 1.059357
2020-09-10 17:00:00 0.903614 0.903614 1.067596
2020-09-09 17:00:00 2.055800 2.055800 1.051931

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 0.337553 0.337553 0.719947
2020-09-14 17:00:00 0.445104 0.228137 0.759891
2020-09-13 17:00:00 1.064639 1.064639 0.835174
2020-09-12 17:00:00 1.176471 1.176471 0.883694
2020-09-11 17:00:00 0.509879 0.509879 0.926701
2020-09-10 17:00:00 0.573477 0.573477 0.951738
2020-09-09 17:00:00 1.285521 1.285521 1.021122

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 4.046415 4.046415 2.934916
2020-09-14 17:00:00 4.164739 4.164739 3.050573
2020-09-13 17:00:00 3.276047 3.276047 2.995479
2020-09-12 17:00:00 2.118906 2.118906 2.933916
2020-09-11 17:00:00 2.076843 2.076843 2.943910
2020-09-10 17:00:00 2.988048 2.988048 2.978344
2020-09-09 17:00:00 3.420964 3.420964 2.967521

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 3.639010 2.687883 2.705751
2020-09-14 17:00:00 4.608128 2.641980 2.691067
2020-09-13 17:00:00 3.182020 3.182020 2.667559
2020-09-12 17:00:00 2.806589 2.806589 2.647290
2020-09-11 17:00:00 3.141145 3.141145 2.611874
2020-09-10 17:00:00 2.288330 2.288330 2.555430
2020-09-09 17:00:00 2.125193 2.125193 2.508005

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 2.587322 2.587322 3.524093
2020-09-14 17:00:00 0.886918 0.886918 3.461229
2020-09-13 17:00:00 4.554656 4.554656 3.493455
2020-09-12 17:00:00 4.529617 4.529617 3.385956
2020-09-11 17:00:00 3.195489 3.195489 3.323116
2020-09-10 17:00:00 4.401806 4.401806 3.233236
2020-09-09 17:00:00 3.882099 3.882099 3.080797

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 1.815095 1.815095 1.818876
2020-09-14 17:00:00 2.328573 2.328573 1.806427
2020-09-13 17:00:00 1.728932 1.728932 1.784613
2020-09-12 17:00:00 1.755777 1.755777 1.765664
2020-09-11 17:00:00 1.473077 1.473077 1.748318
2020-09-10 17:00:00 1.873779 1.873779 1.719971
2020-09-09 17:00:00 2.067580 2.067580 1.694170

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 10.078628 10.078628 6.523203
2020-09-14 17:00:00 12.172285 4.646176 6.344828
2020-09-13 17:00:00 10.143043 5.777778 6.477378
2020-09-12 17:00:00 7.865169 7.865169 6.245466
2020-09-11 17:00:00 5.470314 5.470314 6.104936
2020-09-10 17:00:00 8.056537 8.056537 5.813697
2020-09-09 17:00:00 3.920061 3.920061 5.602274

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 1.229394 1.753283 2.385469
2020-09-14 17:00:00 2.416860 4.737046 2.408986
2020-09-13 17:00:00 3.152510 3.152510 2.393573
2020-09-12 17:00:00 2.662575 2.662575 2.310277
2020-09-11 17:00:00 2.246111 2.246111 2.269297
2020-09-10 17:00:00 2.160494 2.160494 2.245006
2020-09-09 17:00:00 1.533591 1.533591 2.203573

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 1.902174 1.902174 3.315701
2020-09-14 17:00:00 5.000000 1.437908 3.188883
2020-09-13 17:00:00 4.229935 4.964990 3.143695
2020-09-12 17:00:00 3.529412 3.529412 3.057224
2020-09-11 17:00:00 5.086849 5.086849 2.982520
2020-09-10 17:00:00 4.854369 4.854369 2.869068
2020-09-09 17:00:00 2.294686 2.294686 2.745894

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 0.429185 0.429185 1.140696
2020-09-14 17:00:00 1.777778 1.777778 1.313733
2020-09-13 17:00:00 0.903614 0.903614 1.328592
2020-09-12 17:00:00 1.282051 1.282051 1.284884
2020-09-11 17:00:00 1.041667 1.041667 1.328539
2020-09-10 17:00:00 0.655022 1.153846 1.309534
2020-09-09 17:00:00 0.917431 1.415929 1.252619

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 4.740406 4.740406 3.960604
2020-09-14 17:00:00 1.666667 1.666667 3.730111
2020-09-13 17:00:00 5.141388 8.676790 3.621282
2020-09-12 17:00:00 3.205128 3.205128 3.488396
2020-09-11 17:00:00 4.718693 4.718693 3.345227
2020-09-10 17:00:00 3.412969 3.412969 3.128631
2020-09-09 17:00:00 2.087683 2.087683 2.932280

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 5.899705 5.899705 3.882723
2020-09-14 17:00:00 8.888889 8.888889 3.931741
2020-09-13 17:00:00 1.855670 1.855670 4.025112
2020-09-12 17:00:00 3.308271 3.308271 4.332703
2020-09-11 17:00:00 4.700162 4.700162 4.413881
2020-09-10 17:00:00 12.330827 3.308271 4.407482
2020-09-09 17:00:00 1.886792 1.886792 4.643446

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 2.846715 2.846715 3.216973
2020-09-14 17:00:00 3.434685 3.434685 3.164873
2020-09-13 17:00:00 2.871148 2.871148 3.079299
2020-09-12 17:00:00 5.201342 5.201342 3.016119
2020-09-11 17:00:00 3.149171 3.149171 2.968514
2020-09-10 17:00:00 3.828246 3.828246 2.915673
2020-09-09 17:00:00 4.037491 2.289113 2.858081

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 3.095723 3.095723 2.862162
2020-09-14 17:00:00 2.732975 2.732975 2.842186
2020-09-13 17:00:00 4.852071 4.852071 2.861136
2020-09-12 17:00:00 1.952724 1.952724 2.791185
2020-09-11 17:00:00 2.942232 2.942232 2.751803
2020-09-10 17:00:00 2.973662 2.973662 2.735023
2020-09-09 17:00:00 2.717848 2.717848 2.702220

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 2.599278 2.599278 3.635717
2020-09-14 17:00:00 5.056180 5.056180 3.743735
2020-09-13 17:00:00 3.510638 3.510638 3.687264
2020-09-12 17:00:00 3.377483 3.377483 3.662182
2020-09-11 17:00:00 3.387181 3.387181 3.661430
2020-09-10 17:00:00 3.839122 3.839122 3.599938
2020-09-09 17:00:00 4.148279 4.148279 3.612015

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 2.637890 2.637890 3.052969
2020-09-14 17:00:00 4.689755 4.689755 3.069322
2020-09-13 17:00:00 2.862506 2.862506 3.019523
2020-09-12 17:00:00 1.775626 1.775626 3.023443
2020-09-11 17:00:00 4.193548 4.193548 3.025362
2020-09-10 17:00:00 3.887055 3.887055 2.989168
2020-09-09 17:00:00 2.495948 2.495948 2.966266

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 1.416235 0.891789 1.879041
2020-09-14 17:00:00 2.549697 1.260953 1.890807
2020-09-13 17:00:00 1.944860 1.944860 1.934745
2020-09-12 17:00:00 3.055802 3.055802 1.938703
2020-09-11 17:00:00 2.937063 2.937063 1.933664
2020-09-10 17:00:00 1.840736 1.840736 1.928650
2020-09-09 17:00:00 1.627219 1.627219 1.896929

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 2.226721 2.226721 2.406920
2020-09-14 17:00:00 3.821656 1.279318 2.355452
2020-09-13 17:00:00 3.256445 3.256445 2.379347
2020-09-12 17:00:00 3.303303 3.303303 2.345120
2020-09-11 17:00:00 2.579666 2.579666 2.397960
2020-09-10 17:00:00 2.287893 2.287893 2.349603
2020-09-09 17:00:00 3.518124 3.518124 2.363319

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 3.092784 3.092784 3.112133
2020-09-14 17:00:00 14.285714 14.285714 2.816042
2020-09-13 17:00:00 1.739130 1.739130 2.620068
2020-09-12 17:00:00 1.785714 1.785714 2.433130
2020-09-11 17:00:00 8.333333 8.333333 2.387928
2020-09-10 17:00:00 0.000000 0.000000 2.433782
2020-09-09 17:00:00 0.000000 0.000000 2.386333

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-15 17:00:00 3.418549 3.418549 2.850504
2020-09-14 17:00:00 2.763819 1.275214 2.866173
2020-09-13 17:00:00 3.977591 3.977591 2.975625
2020-09-12 17:00:00 3.024326 3.024326 3.031965
2020-09-11 17:00:00 3.191293 3.191293 2.964875
2020-09-10 17:00:00 3.366926 3.366926 2.939502
2020-09-09 17:00:00 2.109900 2.109900 2.875542

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.743902 2.743902 1.373194
Basilicata 1.006036 1.006036 0.967536
Calabria 0.337553 0.337553 0.719947
Campania 4.046415 4.046415 2.934916
Emilia-Romagna 3.639010 2.687883 2.705751
Friuli Venezia Giulia 2.587322 2.587322 3.524093
Lazio 1.815095 1.815095 1.818876
Liguria 10.078628 10.078628 6.523203
Lombardia 1.229394 1.753283 2.385469
Marche 1.902174 1.902174 3.315701
Molise 0.429185 0.429185 1.140696
P.A. Bolzano 4.740406 4.740406 3.960604
P.A. Trento 5.899705 5.899705 3.882723
Piemonte 2.846715 2.846715 3.216973
Puglia 3.095723 3.095723 2.862162
Sardegna 2.599278 2.599278 3.635717
Sicilia 2.637890 2.637890 3.052969
Toscana 1.416235 0.891789 1.879041
Umbria 2.226721 2.226721 2.406920
Valle d'Aosta 3.092784 3.092784 3.112133
Veneto 3.418549 3.418549 2.850504
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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